Уничтожение БВС связано с рядом сложностей во время обнаружения и поражения цели. В ряде случаев микро БВС являются сложной целью для существующих РЛС. Эти аппараты имеют малую эффективную площадь рассеяния, поэтому их обнаружение становится довольно сложной задачей. В частности, снижается максимальная дальность обнаружения.
Малоразмерные микро БВС характеризуются малыми геометрическими размерами, низкой тепловой контрастностью и скоростью полёта, а также малой эффективной площадью рассеяния. Поэтому альтернативой уничтожению я подавление радиоэлектронных систем. Хотя некоторые современные БВС имеют возможность автономного выполнения задач, почти вся подобная техника управляется оператором, а команды передаются по радиоканалу. Таким образом, подавление канала управления средствами РЭБ способно, как минимум, помешать выполнению задачи

Средства ОЭР ИК-диапазона особенно эффективны в ночное время. Тепло от БВС выделяется, в основном силовой установкой и, в меньшей мере, электронными компонентами, а также точками торможения на несущих краях крыльев, пропеллеров и винтов.

Самый простой и логичный способ избавиться от вражеского БВС — уничтожить его. Любая летающая техника может быть сбита. Главной проблемой в этом деле является выявление цели и проведение успешной атаки на неё. При этом для уничтожения может использоваться различное вооружение. Небольшие лёгкие БВС могут быть сбиты с помощью стрелкового оружия подразделений охраны. В систему огневого поражения необходимо заблаговременно выделять (назначать) расчеты, оснащенные огневыми средствами (автоматическим стрелковым оружием, помповыми ружьями) при возможности с оптическими прицелами и приборами ночного видения. Данные расчеты необходимо размещать на обустроенных огневых позициях для кругового обзора воздушного пространства и беспрепятственного ведения огня, в том числе на ПВН. Огневые позиции необходимо оборудовать на холмах, искусственных насыпях, обваловках, крышах зданий, вышках.